연말정산 시즌이 되면 신경 써야 할 항목이 하나 더 있습니다.
바로 ‘건강보험 연말정산’입니다.
많은 분들이 국세청 홈택스만 확인하다가 이 부분을 놓쳐서, 갑자기 수십만 원의 추가 납부 고지서를 받곤 합니다.
“나는 분명히 다 신고했는데 왜 고지서가 또 나오지?”
그 이유는 바로, 건강보험료는 국세청이 아닌 국민건강보험공단을 통해 별도로 정산되기 때문입니다.
이번 글에서는 "건강보험 연말정산이란?", "조회 방법", "추가 납부·환급 확인", "산출내역서 보는 법", "대상자 확인 방법"까지
꼭 알고 있어야 할 실무 내용을 표와 함께 정리해드립니다.
2025년 건강보험 연말정산, 제대로 알아야 과납·추납 없이 대응할 수 있습니다!
그럼 먼저, 건강보험 연말정산의 기본 개념부터 짚어보겠습니다.
건강보험 연말정산이란?
건강보험 연말정산은 근로자의 보수총액 변동에 따라, 직장가입자에게 부과된 건강보험료를 정산하는 제도입니다.
매달 급여 기준으로 건강보험료를 예납했다가, 연말 기준으로 실제 보수총액을 산정하여 과부족분을 조정하는 과정입니다.
쉽게 말하면, 월급이 오르거나 상여금 등 일시적인 소득이 발생한 경우, 실제 총소득 기준으로 다시 계산하여 미리 적게 냈던 건강보험료를 추가로 납부하거나 환급받는 절차라고 보면 됩니다.
해당 정산은 국민건강보험공단이 매년 1~3월경에 직장가입자를 대상으로 자동 진행하며, 사용자(회사) 또는 개인이 확인해야 합니다.
건강보험 연말정산 대상자 확인 방법
직장가입자라면 대부분 정산 대상이 됩니다. 하지만 상황에 따라 다소 차이가 있습니다.
| 구분 | 정산 대상 여부 | 비고 |
| 정규직 근로자 | 대상 | 보수총액 변동 발생 시 |
| 비정규직·계약직 | 대상 | 고용기간 중 급여 변동이 있을 경우 |
| 1년 미만 근무자 | 부분 정산 | 근무 기간 내 보수 기준 반영 |
| 퇴사자 | 일부 제외 | 퇴사 이후 납부내역 제외 |
| 지역가입자 | 해당 없음 | 국세청 종합소득 신고 기준 정산 |
※ 회사 인사팀이 일괄 처리하더라도, 추가 납부금은 본인이 직접 부담하게 되므로 꼭 본인도 확인해야 합니다.
건강보험 연말정산 계산 방식 이해하기
건강보험 연말정산은 “보수총액 × 건강보험료율”로 산출됩니다.
보수총액에는 기본급, 상여금, 수당, 연말 성과급 등이 포함되며, 아래와 같은 방식으로 계산됩니다.
계산 예시:
- A직원의 연 보수총액: 50,000,000원
- 2025년 건강보험료율: 7.09%
→ 산출 보험료: 50,000,000 × 0.0709 = 3,545,000원
- 월별로 납부한 총 보험료: 3,200,000원
→ 추가 납부: 345,000원 발생
만약 연말 보수총액이 예상보다 적었다면 초과 납부한 금액은 환급 처리되며, 부족한 경우에는 추가 납부 고지서가 발송됩니다.
※ 연금보험료도 동일한 방식으로 정산되며, 건강보험공단 홈페이지 또는 회사 급여 시스템에서 산출내역서를 확인할 수 있습니다.
건강보험 연말정산 조회 방법
건강보험 연말정산은 국세청 홈택스가 아닌 국민건강보험공단을 통해 확인해야 합니다.
다음 절차를 따라 조회하면 정산 내역을 쉽게 확인할 수 있습니다.
조회 방법 (직장가입자 기준):
1. 국민건강보험공단 홈페이지 접속
2. 로그인 (공동인증서 or 카카오, PASS 인증 가능)
3. [민원신청] → [직장가입자 보험료 조회] 클릭
4. ‘연말정산 보수총액 산정내역’ 또는 ‘보험료 정산 내역’ 항목 확인
정산금액이 0원이 아닐 경우, 환급 또는 납부 대상일 수 있으므로 반드시 체크가 필요합니다.
환급 조회 및 추가 납부 확인 방법
정산 결과에 따라 본인이 낸 보험료보다 더 많이 냈다면 ‘환급 대상’, 덜 냈다면 ‘추가 납부 대상’이 됩니다.
환급금 확인 방법:
- [홈페이지] → [보험료 조회/납부] → [보험료 납부내역] → ‘환급 가능액’ 표시 여부 확인
- 환급금이 있을 경우 자동 입금되며, 등록 계좌가 없으면 별도 신청 필요
추가 납부 확인 방법:
- ‘보험료 고지 내역’ 확인 시 ‘정산 보험료’ 항목에 +표시 및 고지 금액 표시됨
- 납부기한 이전에 납부하지 않으면 연체료가 발생할 수 있음
건강보험 연말정산 산출내역서 보는 법
산출내역서는 본인의 연간 총소득 기준으로 산출된 보험료와 실제 납부 보험료의 차이를 비교한 자료입니다.
| 항목 | 설명 |
| 총보수 | 연간 총급여액(기본급+수당+성과급 등) |
| 기납부 보험료 | 1월~12월까지 월별로 납부한 보험료 총액 |
| 정산 보험료 | 총보수 × 건강보험 요율로 재계산한 금액 |
| 차액 | 추가 납부하거나 환급받을 금액 |
※ 차액이 ‘양수’일 경우 추가 납부 대상, ‘음수’일 경우 환급 대상입니다.
건강보험 연말정산 분할 납부 신청 방법
추가 납부 금액이 부담된다면, ‘분할 납부’ 신청을 통해 최대 10회까지 나누어 낼 수 있습니다.
신청 방법:
1. 국민건강보험공단 홈페이지 로그인
2. [민원신청] → [분할납부 신청] 메뉴 선택
3. 분할 횟수 선택 (최대 10회)
4. 신청 완료 후, 매월 자동이체 설정 가능
※ 분할 납부는 납부 기한 이전에만 신청 가능하며, 이후에는 전체 금액을 한 번에 납부해야 합니다.
건강보험 연말정산, 꼭 챙겨야 할 이유
건강보험 연말정산은 세금처럼 중요하지만, 많은 직장인이 놓치고 넘어가는 항목입니다.
특히 매년 급여나 보너스에 따라 수십만 원이 추가 납부되거나 환급될 수 있기 때문에,
꼭! 직접 조회하고 확인해야 나중에 고지서 받고 당황하지 않습니다.
정산 결과 환급 대상인 경우, 국민건강보험공단에 등록된 계좌로 3월 말~4월 초 사이 자동 지급되며,
추가 납부 대상인 경우는 4월 중순까지 고지서가 발송되고, 납부 기한은 약 한 달입니다.
지금 바로 건강보험공단 홈페이지에 접속해, 정산 결과를 확인해보세요!
자주 묻는 질문 (FAQ)
Q1. 연말정산에서 환급받았는데 건강보험료는 왜 더 내야 하나요?
A1. 소득세 환급과 건강보험 정산은 서로 다른 제도로, 건강보험은 실제 연간 총보수 기준으로 따로 계산됩니다.
Q2. 퇴사했는데 건강보험 연말정산 고지서가 나왔습니다. 왜 그런가요?
A2. 정산 대상 연도 중 일부라도 근무한 기간이 있으면, 퇴사 후에도 해당 기간에 대한 정산이 발생합니다.
Q3. 환급금은 언제 어떻게 지급되나요?
A3. 보통 3~4월 중 공단에 등록된 계좌로 자동 입금되며, 미등록 시 ‘환급 신청’을 따로 진행해야 합니다.
Q4. 추가 납부가 너무 부담되는데 꼭 한 번에 내야 하나요?
A4. 아니요. 10회까지 분할 납부가 가능하며, 국민건강보험공단 홈페이지에서 신청할 수 있습니다.
Q5. 산출내역서가 이해되지 않아요. 어디에 문의하면 되나요?
A5. 국민건강보험공단 고객센터 1577-1000으로 전화하면, 본인 인증 후 상세 설명을 받을 수 있습니다.
